DNA BARCODING
A PCR-based method for diet analysis in freshwater
organisms using 18S rDNA barcoding on faeces
EMMANUEL CORSE,* CAROLINE COSTEDOAT,* RE´ MI CHAPPAZ,* NICOLAS PECH,*
JEAN-FRANC¸ OIS MARTIN† and ANDRE´ GILLES*
*Aix-Marseille Universite´, CNRS, IRD, UMR 6116 – IMEP, Evolution Ge´nome Environnement, Centre...
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DNA BARCODING A PCR-based method for diet analysis in freshwater organisms using 18S rDNA barcoding on faeces EMMANUEL CORSE,* CAROLINE COSTEDOAT,* RE´ MI CHAPPAZ,* NICOLAS PECH,* JEAN-FRANC¸ OIS MARTIN† and ANDRE´ GILLES* *Aix-Marseille Universite´, CNRS, IRD, UMR 6116 – IMEP, Evolution Ge´nome Environnement, Centre Saint-Charles, Case 36, 3 Place Victor Hugo, 13331 Marseille Cedex 3, †Montpellier SupAgro, INRA, IRD, CIRAD, Centre de Biologie et de Gestion des Populations, Campus International de Baillarguet, CS30016, 34988 Montferrier-sur-Lez, France Abstract The development of DNA barcoding from faeces represents a promising method for animal diet analysis. However, current studies mainly rely on prior knowledge of prey diversity for a specific predator rather than on a range of its potential prey species. Considering that the feeding behaviour of teleosts may evolve with their environment, it could prove difficult to establish an exhaustive listing of their prey. I
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Par Emmanuel Corse
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Publiée le 23 Mai 2011
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Summary
“Alimentary barcoding”: development of a new molecular ecology tool for freshwater
environments.
Example through studying Durance hybrid zone between the two French
Chondrostoms.
Hydroelectric settlement could lead to affect trophic resources availability for fish
populations, mainly for benthos feeder species....
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1 Summary “Alimentary barcoding”: development of a new molecular ecology tool for freshwater environments. Example through studying Durance hybrid zone between the two French Chondrostoms. Hydroelectric settlement could lead to affect trophic resources availability for fish populations, mainly for benthos feeder species. Previous works demonstrated that in the Durance River (an highly man-impacted river), many morphological and ecological characteristics were moved in compare to reference station’s populations for the two benthic feeders species, Chondrostoma toxostoma toxostoma (Ctt, endemic species) and Chondrostoma nasus nasus (Cnn, introduced species) and their hybrids. To better understand which environmental factors are responsible of these differences, we studied the diet behavior of the two Chondrostoma species. The main goal of this thesis was so to study the diet behavior of the two Chondrostoma species and their hybrids in the Durance River and to com
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Par Emmanuel Corse
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Publiée le 23 Mai 2011
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Résumé de thèse
Le "barcoding alimentaire": développement d un nouvel outil d écologie moléculaire
pour les milieux d eau douce.
Exemple au travers de l étude de la zone hybride Durance
entre les deux Chondrostomes français.
Les aménagements hydroélectriques peuvent avoir comme conséquence l’altération de la...
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1 Résumé de thèse Le "barcoding alimentaire": développement d un nouvel outil d écologie moléculaire pour les milieux d eau douce. Exemple au travers de l étude de la zone hybride Durance entre les deux Chondrostomes français. Les aménagements hydroélectriques peuvent avoir comme conséquence l’altération de la disponibilité des ressources trophiques des communautés ichtyologiques, perturbant principalement les espèces benthophages (Sullivan et Watzin, 2009; Helfman, 2007). Or, des travaux ont montré que dans la Durance (rivière fortement aménagée), certaines caractéristiques morphologiques et écologiques étaient déplacées par rapport aux stations de référence chez deux espèces benthophages, le Chondrostoma toxostoma toxostoma (Ctt, espèce endémique) et le Chondrostoma nasus nasus (Cnn, espèce introduite), qui s’hybrident dans cette rivière (Costedoat et al. , 2007). Afin de mieux comprendre quels étaient les paramètres environnementaux à l’origine de tels changeme
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Par Emmanuel Corse
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Publiée le 23 Mai 2011
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UNIVERSITE DE PROVENCE
THESE
Présentée à la faculté des sciences pour obtenir le grade de docteur de
l’Université
Soutenue publiquement par
EMMANUEL CORSE
le 29 septembre 2010
Le "barcoding alimentaire": développement d un nouvel outil d écologie
moléculaire pour les milieux d eau douce.
Exemple au travers de l...
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UNIVERSITE DE PROVENCE THESE Présentée à la faculté des sciences pour obtenir le grade de docteur de l’Université Soutenue publiquement par EMMANUEL CORSE le 29 septembre 2010 Le "barcoding alimentaire": développement d un nouvel outil d écologie moléculaire pour les milieux d eau douce. Exemple au travers de l étude de la zone hybride Durance entre les deux Chondrostomes français. Directeur de thèse: Pr. Rémi CHAPPAZ Co-directeur de thèse: Dr. André GILLES Dr. Henri PERSAT Université Claude Bernard Lyon I (Rapporteur) Dr. Patrick BERREBI ISEM, Université Montpellier I (Rapporteur) Dr Pierre TABERLET LECA, Université Joseph Fourrier Grenoble (Examinateur) Pr. Guillaume LECOINTRE Muséum National d’Histoire Naturelle, Paris (Examinateur) Pr. Rémi CHAPPAZ Université de Provence, Marseille (Examinateur) Dr. André GILLES Université de Provence, Marseille (Examinateur)
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Par Emmanuel Corse
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Publiée le 23 Mai 2011
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BioMed Central
Page 1 of 14
(page number not for citation purposes)
Frontiers in Zoology
Open AccessResearch
Trade-off between morphological convergence and opportunistic
diet behavior in fish hybrid zone
Emmanuel Corse†1, Caroline Costedoat*†1, Nicolas Pech1, Rémi Chappaz1,
Jonathan Grey2 and André Gilles1
Address:...
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BioMed Central Page 1 of 14 (page number not for citation purposes) Frontiers in Zoology Open AccessResearch Trade-off between morphological convergence and opportunistic diet behavior in fish hybrid zone Emmanuel Corse†1, Caroline Costedoat*†1, Nicolas Pech1, Rémi Chappaz1, Jonathan Grey2 and André Gilles1 Address: 1Aix-Marseille Université, CNRS, UMR 6116 - IMEP, Equipe Evolution Génome Environnement, Centre Saint Charles, case 36, 3 place Victor Hugo, 13331 Marseille, France and 2School of Biological and Chemical Sciences, Queen Mary, University of London, Mile End Road, London E1 4NS, UK Email: Emmanuel Corse - emmanuel. corse@univ-provence. fr; Caroline Costedoat* - caroline. costedoat@univ-provence. fr; Nicolas Pech - nicolas. pech@univ-provence. fr; Rémi Chappaz - remi. chappaz@univ-provence. fr; Jonathan Grey - j. grey@qmul. ac. uk; André Gilles - andre. gilles@univ-provence. fr * Corresponding author †Equal contributors Abstract Background: The in
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Par Emmanuel Corse
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Publiée le 23 Mai 2011
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JULIEN PRÉVIEUX
LETTRES DE NON-MOTIVATION
(Sélection)
Par Emmanuel Corse
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Publiée le 2 Mai 2011
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